Este programa comprende la promoción y aplicación de medidas de protección y uso adecuado de la biodiversidad (protección, restauración de hábitat, educación, incentivos, etc.) con fines de proteger sitios claves en el CBPC y restablecer en el mediano y largo plazo la conectividad y funcionalidad ecológica. Además es implícito la generación de información técnica y científica y el monitoreo bilógico. Esto implica las medidas para formar alianzas con propietarios locales, entidades públicas y privadas, universidades y centros de investigación.
Promover la conservación de la biodiversidad y la restauración de la conectividad entre ecosistemas en conjunto con los actores locales e institucionales.
Se protege la biodiversidad y se restaura la conectividad biológica entre áreas protegidas estatales y privadas.
Actualizar el diagnostico para identificar los núcleos de bosque, los vacios de conservación y sitios de mayor vulnerabilidad para la biodiversidad y la conectividad en el CBPC.
Poner en marcha un plan de acción para trabajar sobre vacios de conservación prioritarios en el CBPC medidas de protección y restauración de ecosistemas y conectividad.
Establecer alianzas con productores privados, organizaciones no gubernamentales, organizaciones locales y entidades públicas y acordar planes de acción conjuntos con fines de conservación y restauración de la conectividad en el CBPC.